盐津地处滇池东北高原乌蒙山脉北部斜坡地带，西南高，东北低。县境山脉属乌蒙山脉北支，以关河为界，可分为河东、河西两大山脉。东部朝天马山脉从彝良县由庙坝乡流场村南入县境，向西部经庙坝乡、柿子乡，境内有著名的12高峰；朝天马分支经四川筠连县境卧牛山山脉入牛寨乡的大东山，又分两支：一支向东北入川，一支沿西北经兴隆盖顶山、一把伞入川。西部为乌蒙山北支经昭通、大关从豆沙乡入境，在县境突起一峰，名叫大黎山，由大黎山分支沿关河曲折而下，经艾田乡的肖家山、花山、东瓜山、陇布山，中和乡的大宝顶大佛山、大雪槽，普洱镇的鸡狗山，滩头乡的坪头山，直插水富县的烂坝山到中嘴终止。此外，南面有来自彝良县的朝天马山系，在庙坝乡境内由东向西延至九个包峰为止。县境内最高为中和乡大雪槽梁子，海拔2263米；最低是滩头乡北甲村油厂，海拔330米，相对高差1933米，平均海拔1160米。

　　全县有河流、溪涧5063条，其中常年不断流的78条，流域面积大于10平方千米的26条，大于20平方千米的19条，大于30平方千米17条。关河、白水江、兴隆河为干流。，大小沟溪交错，呈南向北三大叶脉状水系。

　　盐津属中亚热带与温带共存的季风立体气候，夏季炎热，冬季偏暖，雨量充沛，气候湿润，干雨季分明（干季为11月至次年4月，雨季为5至于10月），无霜期长、云雾多、日照少。县城极端最高气温41.8℃，最低气温-2.5℃；多年平均气温17℃（最高17.9℃，最低16.3℃），无霜期328天，多年平均日照966小时（最高年1296小时，最少年652小时），日照率22%。

　　全县高山区占总面积的23.5%，二半山区占45.5%，矮山河谷区占31%。充沛的雨量、湿润的土壤、高低山和河谷坝区的结合，适合各种农作物和植物的生长，对发展农业和林业生产极为有利。